Film oparty został o fabułę trzech pierwszych tomów Serii niefortunnych zdarzeń: Przykrego początku, Gabinetu gadów i Ogromnego okna. Wymusiło to na scenarzystach poczynienie znaczących zmian w scenariuszu.
O ile Gabinet gadów i Ogromne okno odwzorowane są raczej wiernie, zmieniony został Przykry początek. Aby połączyć trzy tomy, Przykry początek rozbity został na dwie części - przed Cudownym ślubem i samo przedstawienie. W powieści Hrabia Olaf bezpowrotnie traci prawa do opieki nad dziećmi po nieudanej próbie poślubienia Wioletki, zaś w filmie wprowadzono wątek próby morderstwa dzieci poprzez pozostawienie ich w zamkniętym samochodzie, pozostawionym na torach. Olaf nie traci praw z powodu swojej chciwości - pan Poe uznaje to jedynie za lekkomyślność - dzięki czemu później udaje mu się odzyskać prawa do opieki. Inaczej również rozwiązano kwestię unieważnienia małżeństwa - w powieści Wioletka składa podpis lewą ręką, dzięki czemu podpis nie jest własnoręczny i małżeństwo nie jest ważne, podczas gdy w filmie próbuje to zrobić, jednak Olaf zauważa jej podstęp i każe jej podpisać się prawą ręką, a małżeństwo unieważnia Klaus, spalając akt ślubu.
Do filmu wprowadzono również wątek WZS, nieobecny w pierwszych trzech tomach serii. Członkami organizacji byli rodzice Baudelaire'ów, wujcio Monty, ciotka Józefina wraz ze swoim mężem i sam Lemony Snicket. Aby wprowadzić ten wątek i połączyć ze sobą członków organizacji, twórcy filmu wprowadzili nieobecne w serii złote lunety oraz wykorzystali charakterystyczne oko w innym jednak kształcie niż w książce.
Zakończenie filmu również odbiega od konwencji, w której utrzymane są powieść. W każdym z tomów Olaf w końcu uchodzi sprawiedliwości, aby dalej ścigać Baudelaire'ów, jednakże w filmie, po zdemaskowaniu jego planów podczas wystawiania Cudownego ślubu, zostaje aresztowany i skazany. Więcej, film pokazuje wręcz wykonanie wyroku i wyraźne zadośćuczynienie win, co jest poważnym naruszeniem zasady braku happy endu, pomimo późniejszej wzmianki o ucieczce Olafa z więzienia.
Najmniejszy elf, bohater animowanej sekwencji rozpoczynającej film, to również bohater wspomnianej w Nieautoryzowanej Autobiografii fikcyjnej książki, autorstwa Monty'ego Kensickle (nazwisko jest anagramem nazwiska Lemony Snicket).
Autorka: Luniasta
idź do góry